X档案关闭后穆德(David Duchovny 大卫?杜楚尼 饰)和斯科莉(Gillian Anderson 吉莲?安德森 饰)被分开穆德受命执行监听工作斯科莉则回到学院读书
某日国会议员麦特森(Raymond J. Barry 饰)向穆德透露一条消息称在波多黎各接收到外星人的电讯为了在特种部队之前找到外星人的证据穆德只身前往得知消息的斯科莉赶到穆德住处从电脑中的旅客名单中找到线索尾随来到波多黎各
在波多黎各阿雷希伯穆德偶遇一个当地人并从他手里得到一幅外星人的画但不久后此人便离奇死去穆德最终能否找到外星人来访的证据