神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽在与碇元度约定之时来到了NERV底层中央教条的红色水池边她的命运似乎就将在此结束　　在危急时刻葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作还要保护碇真嗣与明日香以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触　　出于对碇元度的憎恨赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案她能否成功长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯为了防止人类“最终的悲剧”而酝酿了的“人类补完计划”能否实现尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答